一些学者认为陈子昂是为县令段简所害。陈子昂生前好友的卢藏用在《陈子昂别传》中记载，武则天圣历元年（公元698年）秋天，官至右拾遗的陈子昂因父亲年迈，请求退职归隐上表，“天子优之，听带官取给而归”，仍领右拾遗薪俸。同年，他回到家乡射洪。第二年月，陈子昂的父亲因病去世。
在丧期间，“子昂性至孝，哀号柴毁，气息不逮。属本县令段简贪暴残忍，闻其家有财，乃附会文法，将欲害之。子昂荒惧，使家人纳钱二十万，而简意未已，数舆曳就吏。子昂素羸疾，又哀毁，杖不能起。外迫苛政，自度气力恐不能全，因命蓍自巫，卦成，仰而号曰‘天命不佑，吾其死矣！’于是遂绝。
年四十二。”由这里可以看出，陈子昂之死更主要的是因为受到县令段简的逼迫。当官吏们仗势欺人时，他自知性命难保，忧愤至极，最后含冤而死。《旧唐书•陈子昂传》基本上同意这种说法，只是指出段简罗织罪名，把陈子昂关在狱中，陈子昂悲愤交加，抑郁而死。《新唐书•陈子昂传》也承袭了这种观点，在此基础上进一步指出“果死狱中”。
一些学者认为这个结论是站不住脚的。南宋哲学家叶适提出了大胆怀疑，他说“子昂名重朝廷，简何人？犹二十万茗为少而杀之，虽梁冀之恶不过。恐所载两未真也。”陈子昂虽曾被逆党陷害人狱，但在1圣历元年（公元698年）已官复原职，此后不过数月带官还乡。段简只不过是小小的县令，怎么敢因为谋财而随意地加害朝廷命官？对此说法，后代学者多不认同，指出武三思才是害死陈子昂的元凶。
唐代文学家沈亚之在《上九江郑使君书》曾作过探究，指出“乔f(知之）死于谗，陈（子昂）死于枉，皆由武三思嫉怒于一时之情，致力克害。一则夺其妓妾以加害，一则疑其摈排以为累，阴令桑梓之宰 卷拉辱之，皆死于不命。”南宋叶适、明代文学家胡震亨都对这种观点深表赞同。
关于武三思害死陈子昂的动机，隋唐史学家岑仲勉在《陈子昂及其文集之事迹》指出“子昂居家时，如非有反抗武氏之计划，即必有诛讨武氏之文字，《别传》所谓‘附会文法\匣剑帷灯，饶有深意。唯如是，斯简之敢于数曳就吏，子昂之何以惧，何以贿，均可释然，及不堪其逼，遂一死谢之。
此一解释，虽纯出推测，然自信尚中于事理，《别传》殆作于武后之末，自不便明言，唐人因中、睿两宗所出，始终认为武后临朝为合法，故其事遂终以不彰矣。”葛晓音《关于陈子昂的死因》一文进一步考证，认为陈子昂是因为招祸。其撰写的《我府君有周居士文林郎陈公墓志文》中有“青龙癸未，唐历云微”、“大运不齐，贤圣罔象”等词句，触犯了武则天的大忌。
段简便抓住这个把柄，以碑文附会律法，说陈子昂犯下十恶不赦的大罪。当代学者王运熙也赞同这种观点，认为陈子昂持身正直，而被武三思一党认作了眼中钉，最后假借段简之手加以致害。近年来，国内诸多文学史教材都认同了这种说法。可是，仍有不少学者提出反对意见。
彭庆生在《陈子昂诗注》一书中，反驳了岑仲勉的观点，认为陈子昂如果写有反对武则天的文字，段简必然上奏朝廷，断无权擅自处理，而《陈子昂别传》也不会有“附会文法”的字句。一些学者认为，陈子昂之死的真正主谋是当朝女官上官婉儿。卢藏用虽然不敢触犯当朝权贵，但《陈子昂别传》中所谓的“附会文法”四字大有文章。
这说明因为陈子昂公开反对上官婉儿祖父上官仪所创之上官体诗，而得罪了上官婉儿之故也。于是上官婉儿指使武三思除掉了陈子昂。从史料记载来看，陈子昂与武氏集团并没有大的矛盾，武氏集团没有理由置他于死地。关于陈子昂之死因，人们各执一词，莫衷一是，至今没有一个完1 全令人信服的结论。
究竟何种解释更接近于历史真相，仍有待于学者•们进一步的研究。
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