公元684年，睿宗带着王公以下的文武百官在武成殿为武则天上尊号。自此，武则天亲自临朝执政，而皇帝则住在别殿，不问政事。武则天临朝称制后，百官朝贺。一时间，祥瑞之说甚嚣尘上。什么“瑞鸟”“瑞麟”“瑞云”全出来了，这也表示大家对她执政的拥护。
武则天以为自己执政已经没有太大的阻力了，谁知才高兴不多时，就杀出个程咬金来。原来嵩阳令樊文又献了一块“瑞石”，武则天拿着这块玉石让百官观赏。尚书左丞冯元常上书说这是谄谀欺骗的说法，武则天意识到朝廷中还有一部分人对自己执政不满，于是便把冯元常赶到陇州做刺史去了。
武则天临轩执政后，将大唐的旗改为金色，改东都洛阳为神都，官名进行了一次大改换，官服也改了颜色，其官职也做了一些更改：尚书省改为文昌台，左右仆射改为左右相，吏、户、礼、兵、刑、工六部依次改为天、地、春、夏、秋、冬六官，门下省改为鸾台、中书省改为凤阁，改侍中为纳言，中书令为内史，御史台改为左肃政台，增加一个右肃政台。其余的省、寺、监、率名称，都按各部门的职权另改名称。
正在此时，一件叛乱事件也发生了，而发动这场叛乱的就是扬州大都督李勣的孙子李敬业。
李勣是高宗时期的老臣，为高宗和武则天的朝廷立下过汗马功劳，因此而受到了极大的器重。但是李老丞相的孙子却不怎么争气，整天就知道吃喝玩乐、贪赃枉法，后因东窗事发而被贬职。现在，他打着恢复李氏江山的旗号，聚众谋反。
此外，参与这次谋反的还有一个叫魏思温的监察卸史，这个魏思温也是因为犯法而被贬为了盩厔尉，他有些政治头脑，也因此成了这次叛乱的“军师”。
按照李敬业和魏思温事先商议好的计策，先让同伙监察御史薛仲璋请求出使江都，等薛仲璋到了江都后，再让韦超告发扬州都督长史陈敬之谋反。
这样一来，薛仲璋便可以利用中央派遣出使御史的身份逮捕陈敬之，薛仲璋可以轻而易举地控制扬州。薛仲璋等依计行事，果真掌握了扬州的军权。接着宣布叛变，改回嗣圣元年中宗的年号。
武则天千方百计想要杜绝的事情还是发生了，这些人果然还是打起了儿子的旗号来反对自己。叛军找了一个酷似李贤的人来冒充已死的太子。他们到处宣扬李贤并没有死，而是逃到了扬州，在扬州招兵买马，任命李敬业为上将军，兼扬州大都督。
紧接着，李敬业还在扬州设立了三个府衙——匡复府、英公府、扬州大都督府；又任命了一些官员，其中最著名的是“初唐四杰”之一的骆宾王，他写了一篇留名千古的《讨武瞾檄》，大肆宣扬武则天的罪行，并且号召人们反对她执政。
武则天对叛乱是有所准备的，当听到扬州发生叛乱时，她并不十分惊讶，认为这也是在意料之中的事情。当她读到骆宾王的《讨武氏檄》后，还大赞骆宾王才学渊博、妙笔生花。
武则天曾说像骆宾王这样的人不用，是我们帝王的过失，可见武则天的帝王之器是多么宽大呀。特别是在关键的时候，还能为敌人送上赞美，这是需要胸怀和智慧的。同时，对于武则天的泰然自若，大臣们也是从心底感到佩服的。
武则天在赞美完了骆宾王之后，便放下手中的檄文，命令左玉钤卫大将军李孝逸领兵三十万前往讨伐。她认为这样还不能彰显出自己的威严，于是又罢免李勣的官职，之后还派人挖了李勣的坟墓，捣烂了他的棺材，接着又恢复了李勣的原姓，她要让天下人看看反叛自己的下场。
李敬业不通兵家之事，临到阵脚便六神无主，只好找大家来一起商议该怎么办。军师魏思温说：“您还是以匡扶李室为名，率领着众人击鼓行进，直捣东都洛阳。这样的话，天下人就知道你是为了李家江山在打拼，那么就会群起响应。”
薛仲璋不同意出兵洛阳，他坚持守住金陵，也就是现在的南京，再渐渐向北进军。魏思温反驳说：“山东有粮有兵，就等着我们到那里去呢！如果不趁着这个形势立功，而是自顾自地保存已有的领地，那么，起兵的人听了，谁还会响应我们呢？”
李敬业没有谋略和胆识，因而他没有听取魏思温的建议继续进攻，而是兵分几路攻占江都周边的地区。魏思温叹了口气说：“兵力集中力量就会强大，分散了就会弱小。敬业不渡过淮河，收取山东进而夺洛阳，我们的失败就在眼前了。”之后，李敬业带领着叛军主力攻下了润州。
驻守润州的是李敬业的叔叔李思文，李敬业原本想拉着李思文一起造反，但是，却被李思文拒绝了。接着，他又向武则天告急。李敬业占领润州之后，魏思温提出用李思文的脑袋祭旗，李敬业不肯。润州司马刘延嗣被抓后，李敬业要杀了他，魏思温说这是他的旧相识请求赦免其死罪。就这样，两个人都被关进了大牢之中。
李孝逸的大军赶到后，李敬业着急了，赶忙从润州退出来守江都。他在高邮县屯兵，命令自己的弟弟敬猷守卫淮阴，韦超、尉迟昭守卫梁山。
李孝逸因为初战失利而不敢再继续进攻，这时，担任监军的殿中侍御史魏元忠对李孝逸说道：“现在天下的安危就在此一举了，原本天下太平，是贼子先叛乱，搅动得天下不安，人们都盼着尽快平定叛乱，而今将军只守不攻，不是令天下人感到失望吗？如果朝廷知道了这件事情，必定会改派其他的将军前来剿灭叛乱，这时，将军你又打算怎样去应对呢？”
李孝逸一听确实是这么一回事，心想如果我在这里不进攻的话，朝廷也迟早会知道，到时我就没法交代了呀！于是，他便下令进攻，结果斩杀了叛将尉迟昭。
十一月，武则天果然派了左鹰杨大将军黑齿常之为江南道大总管，统领大军增援李孝逸。李孝逸听到这个消息后，再次攻打梁山，而叛将韦超却坚持不迎战。李孝逸拿不定主意是攻还是战，大家便在阵前开始讨论起来。
魏元忠建议先攻打李敬猷，其他将领不赞同这样做，他们认为要先进攻李敬业。魏元忠说：“我们应该先进攻李敬猷，李敬业人多，又凭着显要的位置死战，如果我们失利，那么就危险了。李敬猷没有什么能力，根本不懂打仗是怎么一回事，再加上势单力薄，大军一到就会被攻克，因此李敬业必定会想办法来救自己的弟弟，到时必定来不及。现在我们舍弃好攻的，去攻打难攻的，是下策啊！”李孝逸听了魏元忠的意见，先攻打韦超，然后攻打李敬猷，李敬猷大败。接着，挥军进攻李敬业。
李敬业借着河水死守，李孝逸几次攻打都没有成功，就想退到石梁。魏元忠接着劝说：“这个时节芦苇都干了，又是顺风，不如用火攻，此时是不能后退的。”李敬业的军队此时也筋疲力尽，失去了斗志。后来，李孝逸又采用了火攻的计策，因而将李敬业的大军烧得七零八落。
李敬业一看大势已去，于是率领着轻骑兵进入了江都城，带着一家老小准备从润州入海，投奔高句丽。结果逃到了海陵界，被大风阻住，无法渡海。其他的将领看到没有什么希望了，便杀了李敬业和李敬猷兄弟。随后，他们便带着李敬业和李敬猷的头去投降。而叛将唐之奇、魏思温也被活捉了，只是骆宾王下落不明。直到此时，李敬业的叛乱终于被平定了。
武则天平定了李敬业的叛乱后，紧接着便对李敬业一家进行了处置。只有李文思被留了下来，并提拔为司仆少卿，赐武姓。
平定李敬业的叛乱只用了四个月的时间，而且战争只在扬州和楚州范围内进行，因此对百姓并没有构成很大的危害。大唐的安定以及社会经济生活还在继续发展着。
武则天之所以能平定李敬业的叛乱，与中下层的官员和百姓的支持是分不开的，她在位时所实行的政策得到了下层人民的拥护。扬州叛乱平定以后，武则天的统治得到进一步加强。
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