这个问题可从以下几方面进行思考：
1、假设这首诗不是伪诗，而确实是杜牧所作，那为什么会不上选？原来有二，一是当时编制《全唐诗》时间仅一年多，从浩如烟海的唐诗中去选取，在当时没有电脑协助，仅靠人力的情况下，难免会有不周全之处，如重复，如误收等；原因之二是当时〈清明〉或许并不像后来如此出名，以至于编者觉得不足以编进〈全唐诗〉。
2、就是现在有专家学者认为此诗是伪诗，不是杜牧所写。
楼主亦是很有思想之人，想必自有想法。
《清明》的作者有可能不是杜牧，杜牧卒后，他的外甥裴延翰搜罗编辑了整二十卷《樊川文集》。北宋又有人将散佚的诗文搜集出版了《樊川外集》和《樊川别集》各一卷。杜牧这“三集”中，均未收录此诗。宋代洪迈编的《万首唐人绝句》，也没有收录《清明》。据卞东波博士考证，“清明时节雨纷纷”的第一次出现，是在南宋末年的《锦绣万花谷后集》卷二十六，但是，当时这首诗的标题并不是《清明》，而是《杏花村》。
更可疑的是，该书收录的诗作，大多直书作者，而这首诗却只注“出唐诗”，并没有标明具体作者。“清明时节雨纷纷”第一次挂上杜牧之名并改题为《清明》，是南宋末年的《分门纂类唐宋时贤千家诗选》，该诗列在清明类首篇，旧题刘克庄主编。这是一本发行量很大的普及性诗歌选本，问题非常多，据李更和陈新考证，这是福建书商盗用刘克庄之名编就的商业畅销书。
刘克庄本人的《后村诗话》对杜牧存诗有许多精当辨析，却只字未曾提及这首《清明》。也就是说，杜牧去世至少三百多年后，这首诗才刚刚冒出来。
杜牧的《清明》并非其最优秀作品。唐诗浓缩了唐诗精华，任何人能留两三首就相当不错了。
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